Le moteur de jeu est le programme contenant l'interpréteur CAOS, la biochimie, le cerveau, la génétique et le code de l'interface utilisateur - quasiment toute la programmation excepté les applets (Creatures et Creatures 2) et les scripts CAOS. Différents jeux ont chacun leur moteur :
- Creatures utilise son propre moteur.
- Creatures 2 utilise une version mise à jour du moteur de Creatures.
- Creatures Adventures et Creatures Playground utilise une première version du Creatures Evolution Engine.
- Creatures 3 utilise une version mise à jour du Creatures Evolution Engine, et Docking Station introduit de nouvelles mise à jour (vous pouvez lancer C3 grâce au moteur de DS), et ajoute des fonctionnalités internet au moteur grâce à la surcouche réseau.
- Amazing Virtual Sea-Monkeys utilise une version plus à jour et modifiée du Creatures Evolution Engine, sans la surcouche réseau de Docking Station.
- BAMZOOKi utilise un moteur totalement différent et est accompagné de scripts Lua plutôt que CAOS.
Il existe également une version Open-Source du Creatures Evolution Engine : openc2e.